Avogadro

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screenshot_Avogadro-Benzene
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Avogadro est un éditeur et un visualiseur avancé de molécules. Il est multi-plateformes et conçu pour le calcul scientifique en chimie, la modélisation moléculaire, la bio-informatique, la science des matériaux et autres champs de recherche connexes. Ses principales qualités sont un rendu flexible et un robuste système de plugins.

Avogadro supporte la plupart des types de fichier de représentation moléculaire. Il peut ainsi servir à visualiser une structure en 3D comme JMol, mais il permet également de concevoir des molécules, atome par atome, sans se soucier de la structure, le logiciel ordonnant lui-même la molécule ainsi formée par calcul des champs de force.

La fonction de visualisation comprend beaucoup d’options : sphères, bâtonnets, fil de fer, isosurfaces, …

On peut également faire apparaître des informations comme le nom des atomes, leur taille, les distances inter-atomes, les angles, …

La création de molécules est vraiment simplifiée par l’ergonomie du logiciel et est accessible à des élèves de collège.

Autant il existe pléthore de logiciels de visualisation moléculaire, qu’ils soient libres ou non libres ; autant Avogadro est l’un des seuls logiciels permettant de construire des molécules.

Ce logiciel peut remplacer avantageusement les modèles moléculaires utilisés au collège et au lycée en chimie. La construction n’est pas limitée par le nombre d’éléments dans une boite, ni le nombre de liaisons, et l’étape de calcul des champs de forces permet de mieux comprendre les géométries des molécules.

Avogadro est également intéressant pour illustrer les structures cristallographiques qui s’étendent à l’infini.

À l’aide d’un tutoriel d’une demi page, les élèves peuvent facilement le prendre en main de manière autonome, dans le cadre d’une séance intégrant les TICE par exemple.

Merci à Vincent pour la rédaction originale de cette notice sur notre wiki.

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Avogadro dépôt Ubuntu , le 4 janvier 2011 par Bibifri (0 rép.)

Suite à la conversation précédente : Avec Ubuntu 10.04 LTS c’est la version 1.0.0 qui est disponible via Synaptic. Elle est en français.

Sur Sourceforge c’est la 1.0.1 qui est proposée, je n’ai pas encore essayé de l’installer "par dessus" l’autre (limite de compétence pour l’instant, je découvre encore Ubuntu)

Répondre à ce message

Avogadro , le 4 janvier 2011 par Nick (0 rép.)

Bonjour,

Est il possible d’utiliser avogadro en ligne de commande, ou au moins d’automatiser l’export de l’image des molécules en format png ? 1 Molécule, ca va mais 50 ou 60 je préfèrerai une méthode automatique.

Merci d’avance pour les réponses

Répondre à ce message

Avogadro , le 27 septembre 2010 par Bibifri (1 rép.)

Bonjour

Il semble que l’installeur Windows de la v 1.0.1 n’installe pas le répertoire ad-hoc pour la traduction française (vu sur la mailing-list avogadro-translation). Donc => LANG=EN uniquement !

Personnellement j’ai arrêté de chercher, j’atteins ma limite (de compétences et de patience) :(

A toutes fins utiles

Avogadro , le 1er octobre 2010 par PatG

C’est vrai. Une solution temporaire est d’installer la version 1.0.0 puis la 1.0.1 et le logiciel est en français !

C’est vraiment un logiciel facile et performant.

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