Jmol

Jmol est un visualisateur de molécule écrit en Java. A l’origine créé pour remplacer un logiciel propriétaire, XMol, qui n’a plus été maintenu, JMol a pour but d’être une interface ouverte de visualisation de molécule libre, ce qui empêchera son abandon à long terme si les développeurs originels venaient à arrêter. Il intègre depuis le projet global OpenScience visant à créer des logiciels libres à but scientifique, et ambitionne de remplacer la solution propriétaire chime.

Son interface très simple permet de l’utiliser avec des élèves de collège ou de lycée, mais c’est aussi un produit très complet utilisé par un certain nombre d’écoles et d’universités, ainsi que par le département de chimie de l’université d’Oxford. En effet, il a comme avantages :

d’être à la fois une application autonome et applet pour page Web ;
d’avoir un affichage 3D très rapide, même pour de très grosses molécules ;
de supporter de nombreux formats de fichiers dont les classiques .pdb, .mol et .xyz, mais aussi de nombreux autres ;
d’utiliser un langage de script Rasmol/Chime pour les animations ;
de permettre l’affichage des molécules en couleurs 24 bits ;
d’obtenir de meilleures performances des dessins.

La dernière version apporte une cinquantaine( !) de changements et améliorations, aussi n’en listerons-nous que quelques-unes [1] :

la possibilité de "voler" à travers la molecule en mode navigation,
le chargement de plusieurs fichiers à la fois,
la possibilité de manipuler un atome à sa convenance (rotation, translation, inversion)
l’écriture des données de surface Jmol Voxel directement dans les fichiers.

Il faut aussi ajouter que le site propose une documentation en français, et tout ceci en fait un très bon remplaçant au plug-in propriétaire chime.

Site officiel

[1] d’autant plus que nous n’avons pas eu non plus cette longue liste

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