Jmol

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Jmol est un visualisateur de molécule écrit en Java. A l’origine créé pour remplacer un logiciel propriétaire, XMol, qui n’a plus été maintenu, JMol a pour but d’être une interface ouverte de visualisation de molécule libre, ce qui empêchera son abandon à long terme si les développeurs originels venaient à arrêter. Il intègre depuis le projet global OpenScience visant à créer des logiciels libres à but scientifique, et ambitionne de remplacer la solution propriétaire chime.

Son interface très simple permet de l’utiliser avec des élèves de collège ou de lycée, mais c’est aussi un produit très complet utilisé par un certain nombre d’écoles et d’universités, ainsi que par le département de chimie de l’université d’Oxford. En effet, il a comme avantages :

  • d’être à la fois une application autonome et applet pour page Web ;
  • d’avoir un affichage 3D très rapide, même pour de très grosses molécules ;
  • de supporter de nombreux formats de fichiers dont les classiques .pdb, .mol et .xyz, mais aussi de nombreux autres ;
  • d’utiliser un langage de script Rasmol/Chime pour les animations ;
  • de permettre l’affichage des molécules en couleurs 24 bits ;
  • d’obtenir de meilleures performances des dessins.

La dernière version apporte une cinquantaine( !) de changements et améliorations, aussi n’en listerons-nous que quelques-unes [1] :

  • la possibilité de "voler" à travers la molecule en mode navigation,
  • le chargement de plusieurs fichiers à la fois,
  • la possibilité de manipuler un atome à sa convenance (rotation, translation, inversion)
  • l’écriture des données de surface Jmol Voxel directement dans les fichiers.

Il faut aussi ajouter que le site propose une documentation en français, et tout ceci en fait un très bon remplaçant au plug-in propriétaire chime.

[1] d’autant plus que nous n’avons pas eu non plus cette longue liste

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Commentaires

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Jmol , le 25 août 2009 par hillel2008 (0 rép.)

salut, j’ai un problème, j’ai télécharger jmol mois je voulais charger une animation jmol que j’ai trouver sur un site web mais je ne sais pas comment m’y prendre

Répondre à ce message

> Jmol , le 18 mai 2005 (1 rép.)

Bonjour

J’aurais voulu la syntaxe de la dernière version de l’applet jmol.

Merci d’avance

> Jmol , le 3 septembre 2005 par Nico

Qu’entends-tu pas syntaxe ?

Si besoin, il y a des listes de discussion sur Jmol.

-----> Listes de diffusion Jmol

Répondre à ce message

> Jmol, au secours , le 28 février 2005 par jef (2 rép.)

J’ai chargé Jmol en espérant donner un petit coup de main à mon fiston qui a bien du mal avec ses cours de chimie, mais je n’arrive absolument pas à m’en servir : on voit des jolies molécules qui font des trucs (le programme fonctionne) mais je suis infoutu de créer la moindre molécule, même simple.... Une piste me suffirait sans doute. Merci de ne pas trop rire de mes incapacités...

> Jmol, au secours , le 28 février 2005 par stef

Il me semble que jmol est juste fait pour la visualisation de molécules créées avec d’autre logiciels.

Logiciels de chimie , le 1er mars 2005 par Eric

Si vous voulez faire des molécules 2D, il existe BKchem (vu d’ailleurs sur Framasoft, si je ne me trompe pas).

Sinon, il y a ChemSketch version freeware ( voir http://www.acdlabs.com/download/) qui permet de faire du 2D et de la 3D de très bonne qualité.

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